Релігійним вихованням юного царя опікувався новгородський священник на ім’я Сильвестр. Він був людиною суворої та глибокої віри, схильною до містицизму – стверджував, що чує небесні голоси, бачить Божі знамення, має дар пророкування. При дворі освіченого й побожного Сильвестра поважали, однак його містичні одкровення часто ставали об’єктом глузу. Князь Андрій Курбський, що замолоду був наближений до Івана Васильовича, а згодом через конфлікт із ним мусив утекти з Московії, вважав, що Сильвестр зловживає легковірністю царя, нав’язуючи йому свої видіння як Божу волю. Курбський не брався судити, чи були ці видіння справжні, а чи Сильвестр просто вигадував їх із педагогічною метою, аби вплинути на жорстоку, шалену вдачу вихованця і приборкати його норов. Однак навіть якщо священник діяв із найкращими намірами, результат виявився не дуже добрим: замість пом’якшити характер Івана Васильовича, зерна містичної релігійності впали на ґрунт природної неврівноваженості та схильності до афектів і принесли рясні отруйні плоди. Під впливом наставника цар сам почав бачити видіння та знаки згори, що особливо проявлялось у доленосні моменти, пов’язані з сильною емоційною та нервовою напругою.
Вплив Сильвестра не обмежився плеканням специфічного релігійного почуття; іще одним його наслідком була ідея про божественне походження царської влади та особисту богообраність Івана Грозного як самодержця й захисника православної віри, покликаного насаджувати її серед невірних усього світу. «Божою благодаттю вподоблений царю Костянтину, тією ж царською багряницею обікладен єсть, ті ж правовірні хоругви в руці своїй благочестиво трима», – писав Сильвестр, дорівнюючи Івана Васильовича до візантійських імператорів. Аби наочно показати молодому цареві важливість його місії, Сильвестр скористався відновленням розписів кремлівських соборів, постраждалих від великої московської пожежі. Звернувшись по допомогу до найкращих новгородських іконописців, він звелів укрити стіни Золотої палати фресками, що зображали самого Івана Васильовича хоробрим воїном, суворим, але справедливим суддею, добрим правителем, який щедро роздає милостиню.
Одним із кроків до абсолютизації царської влади стало впровадження опричнини. Іван Грозний фактично поділив населення країни на дві категорії: опричнину (від староросійського «опричь» – «крім», «окремо», «за межами») та земщину. До земщини відійшли володіння старих боярських родів і феодальних вельмож, боротьба з якими була важливою частиною внутрішньої політики Івана Грозного; опричнина складалася зі спеціально відібраних людей, чимало з яких походило з невельможних, нічим не прославлених родин. Опричники стали особистою гвардією Івана Грозного; особливою присягою вони клялися в абсолютній вірності цареві, обіцяли не знатися з земськими й висловлювали готовність заради царя зректися усього, зокрема рідних. По суті, земщина була абсолютно беззахисна перед опричниною: дії «царських людей» вважали волею царя, а волю царя – натхненною самим Богом. Маючи абсолютні повноваження, опричники грабували земські володіння, знущалися з людей і вбивали тих, хто наважувався чинити їм опір. Вони вбиралися в чорну одіж і прив’язували до сідел мітли, а за деякими свідченнями, ще й собачі голови – це мало означати готовність постійно винюхувати вільнодумство й безжально вимітати його, що цілком відповідало схильності Івана Грозного до показових, театральних жестів. І саме з цих людей, що викликали в серцях народу страх і ненависть, цар спробував організувати православний воєнно-чернечий орден, подібний до тевтонського чи лівонського.
Терор опричників був у розпалі, коли цар постановив перетворити їх на аналог чернечого братства, а Олександрівську слободу, свою улюблену резиденцію, – на монастир, де відтепер мали дотримуватися відповідного розпорядку. Для братії було пошито грубі чернечі ряси, у яких опричники мусили ходити на молитву до церкви; щоправда, одягали їх поверх дорогого вбрання, а на поясах самопроголошених ченців блищала зброя. Ігуменом нового «монастиря» Грозний скромно проголосив самого себе, а найближчим сподвижникам роздав церковні чини: скажімо, сумнозвісний кат, улюбленець царя Малюта Скуратов отримав звання пономаря, і до його обов’язків належало дзвонити у дзвін, скликаючи братію на молитву. На світанку цар у супроводі синів і Скуратова сходив на дзвіницю, аби зібрати опричників у церкві на кількагодинний молебен, який сам і очолював. Потім усі вирушали на трапезу, під час якої цар, як годилося ігуменові, навстоячки читав братам уголос повчальні богонатхненні тексти. «Ченці» спокійно поєднували такий розпорядок дня з постійними грабунками та кривавими розправами: адже винищувати ворогів царя, на думку його самого, було милою Богові справою.
Історик Руслан Скринніков пов’язує виникнення «монастиря» з конфліктом між Іваном Грозним і митрополитом Московським Пилипом (Количовим), якого за критику царя було позбавлено сану, вкинуто до темниці, а згодом убито. Після того як митрополит публічно затаврував неправедні діяння Івана Грозного, той задумав учинити суд над непокірним головою московської церкви. Сама ця ідея була безпрецедентна, адже миряни не мали повноважень судити церковних єрархів. Та, звісно, самодержець і «захисник православної віри» до простих мирян ніби й не належав. Щиро вважаючи себе помазаником Божим, а отже, вищим навіть за церковних владик, Іван Грозний не переймався земними законами, однак розумів, що єпископи можуть стати на захист митрополита. Тому «чернече братство», на думку Скриннікова, мало на меті показати, що цар і його прибічники живуть воістину побожно й духовно – на відміну від нібито розпусного та грішного Пилипа.
Утім, помилково було б убачати в заснуванні опричного «монастиря» лише політичний крок – занадто вже важливою для Івана Грозного була релігійність у житті загалом і в правлінні державою зокрема. Звісно, з християнського погляду діяльність «монастиря», що стояв на жаскому фундаменті з крові, терору й непомірної гордині, була всього-на-всього зухвалим святотатством. Деякі історики порівнюють його з ініціативою іншого російського монарха, Петра І, який створив так званий «усеглузливий, усеп’яний і шалапутний собор». Але на відміну від цього «собору», що неприховано пародіював Церкву, висміюючи її під час гульні й пиятик, «монастир» Івана Грозного був для свого творця справою серйозною. Тимчасом як Петро І свідомо блазнював, Іван Грозний виконував роль особи, другої після Господа Бога. Цим можна пояснити той факт, що цар не вбачав у своїх діях жодної профанації – попри те, що церковні закони навіть просте приміряння чернечого вбрання вважали для світської людини гріхом, відкупити який можна було, лише насправді постригшись у ченці.
«Монастир» Івана Грозного, як і вся опричнина, проіснував лише кілька років. Одержимий постійним пошуком ворогів і зрадників, цар зрештою сам винищив своє найближче оточення, після чого під страхом смерті заборонив навіть згадувати слово «опричнина». Такий безславний кінець прозоро показує рівень богонатхненності задуму, однак на цьому ігри Івана Грозного в Божого наступника не завершилися. Навіть стираючи опричників із лиця землі, він вважав, що лише виконує Господню волю – так само, як раніше приписував цій волі їхню появу.