Йоахим, хоч був не систематичним богословом, а скоріше ритором, залишив по собі численні твори, як екзегетичні, так і догматичні. Найвпливовішими виявилися його есхатологічні теорії — вчення про майбуття і завершення історії. На думку Йоахима, історія людства має містити три основні періоди (або стани): спершу панування Отця, потім — Сина, а зрештою — Святого Духа. Такий поділ логічно випливає з аналізу Біблії: старозавітні події цистерціанець схематично приписує Отцеві, події Нового Завіту — Синові, а майбутню еру — Духові. Друга ера випливає з першої, а третя — із двох попередніх. Тут віддзеркалені тринітарні відносини: Отець є джерелом Трійці, із Нього народжується Син, а від Них обох походить Святий Дух. Тому після завершення Старого Завіту настав час Євангелія Христа, а після нього прийде ера Вічного Євангелія, або Євангелія Царства. Це буде духовна Церква, не така, як тепер.
Кожен наступний період починається не із завершенням попереднього, а в його зеніті. Нова ера не скасовує, а сповнює те, що було раніше. Перший період, який Йоахим називає «ерою світських» або «ерою обрізаних тілом», почався з Адама; його апогеєм був час пророків. Другий період — «ера духовенства» — почався з пророка Осії, а його зенітом стало життя Ісуса Христа. Це час «і тілесних, і духовних» людей, які живуть за Євангелієм і за благодаттю, проте недосконало. Урешті, третій період почався зі святого Бенедикта, особливо розвинувся в часи святого Бернарда й десь 1200 року мав принести плоди, тобто стати конкретно видимим. Це «ера ченців», що відкриє свободу Духа, стане часом прослави. Люди пізнають глибинний сенс Писання, а не лише зовнішній, буквальний, адже Святий Дух просвічуватиме людство, даючи йому духовне розуміння. Поширенню цієї ери не буде кінця і краю, та вона матиме завершення в часі, яке настане наприкінці світу.
Роздуми про третю еру Йоахим підтверджує цитатами з Одкровення: «Я бачив іншого ангела, що підіймався від схід сонця, маючи печать Бога живого» (7, 2); «І побачив я іншого ангела, який летів на середині неба, маючи Євангеліє вічне» (14, 6). Це «Вічне Євангеліє» — Євангеліє не букви, а Духа. Коли воно запанує, до Церкви ввійдуть ті, хто був відкинутий, тобто юдеї та язичники, а сама Церква з Петрової (тобто зі структури) перетвориться на Йоанову (тобто на духовну, харизматичну). Нічого дивного, що ці теорії Йоахима стривожили представників Церкви й викликали активні дискусії.
Усю історію світу Йоахим розумів як поступовий рух до духовної досконалості, до якої в кожен період людство веде окрема Особа Трійці. По суті, він перемістив есхатологічне Царство, яке має настати після славного пришестя Христа, тобто після Суду й кінця світу, в історію. Тут, на землі, має бути царство Духа, царство Бога, царство справедливих і святих. Таїнства й церковна ієрархія не будуть потрібні у третій ері, бо всі житимуть у безпосередньому контакті з Богом через Святого Духа — і повне проявлення цього стану вже близько.
Парадоксально, що Йоахим, говорячи про духовне і глибше розуміння Писання, свої пророцтва базував на буквальному читанні Біблії. Аналізуючи Старий Завіт, він порахував усі покоління від Адама до кінця першої епохи, тобто до Христа, й отримав такий результат: від Адама до Авраама було 21 покоління, від Авраама до Осії — 21, від Осії до Христа — також 21, що разом дає 63 покоління. Відповідно, 63 покоління мають минути від Осії, із якого почалася ера Сина, а потім — іще 63 покоління від святого Бенедикта, із якого почалася епоха Святого Духа. За цими підрахунками, період Сина завершиться десь 1260 року, а ера Духа почне «щедро плодоносити».
Ця утопія немовби «забула» про щось таке, як первородний гріх, про людську слабкість, недосконалість, про те, що люди, навіть глибоко побожні чи духовні, це одночасно «люди плоті і гріха».
Учення Йоахима не було популярне за його життя, але поширилися після смерті ченця. Особливо ним зацікавилися в новоствореному ордені францисканців, де один із генералів був прихильником «йоахимізму» через подібність святого Франциска до образу людини з третьої ери Духа. Деякі домініканці та францисканці застосовували апокаліптичне вчення Йоахима до своїх засновників: у святому Домінікові вбачали образ ангела з печаттю живого Бога, а у святому Францискові — ангела з Вічним Євангелієм. Утім, видатні критики йоахимізму теж походили з цих орденів. Святий Бонавентура, францисканський генерал, якому доводилося залагоджувати неспокій серед братів, підкреслював, що для святого Франциска абсолютно центральною постаттю історії був Ісус Христос; святий Франциск жив Христом і для Христа, а не в якійсь іншій, окремій ері; тож ера Святого Духа — це ера Христа. Святий Тома Аквінський, домініканець, уважав Йоахима Фіорського неосвіченим богословом, який не розумів типології Святого Письма, а тому доходив хибних висновків. Критикуючи йоахимізм, Тома нагадував, що Новий Закон, тобто Євангеліє, базується на благодаті Святого Духа, що вливається в серця людей. Так, таїнства, правила віри, побожні вчинки другорядні щодо цієї внутрішньої дії Святого Духа — але все це служить Його благодаті й місії. Новий Завіт — це діяння Ісуса Христа і Святого Духа, яке має остаточний характер, тож очікування на щось, що перевищить Новий Завіт і Церкву Христову тут, на землі, — це марнота й незгідність із Писанням.
Ідея Йоахима Фіорського про три ери піддала сумніву традиційне розрізнення між Старим і Новим Завітом як ерами букви і духа. Для Йоахима це все періоди букви, час духа тільки має настати. Окрім того, автор, навіть якщо не мав такого наміру, доволі сильно скомпрометував центральність Ісуса Христа й відійшов від учення Церкви про зв’язки між Особами Трійці: Святий Дух, якщо йти за Йоахимом, не виконує місію Христа, а перевищує Його, маючи власну місію. Христос у цьому тлумаченні — лише тип Святого Духа, попередник, подібно як Йоан Хреститель був предтечею Христа.
Здається, основною помилкою Йоахима було хронологічне розділення (хоч і з певними накладаннями) «впливів» чи ер Божих Осіб. Звісно, у богослов’ї, яке базується на Святому Письмі і Традиції, також ідеться про «впливи» окремих Осіб Трійці: Отець над усім царює, Син Божий є Посередником, Святий Дух усе животворить і надихає; однак ці дії Божих Осіб відбуваються синхронно, а місія Святого Духа полягає в тому, щоб невпинно актуалізувати місію Христа й реалізувати задум Отця щодо спасіння.
Учення Йоахима Фіорського, натхнене щирим прагненням кращого, духовнішого світу, надалі не раз впливало на різні ідеології та утопійні візії, а навіть на диктатури чи тиранії, які силою прагнули запровадити «світле майбутнє». Воно стало одним із класичних образів утопії, відірваної від реалій історії, а особливо — людства. Адже ця утопія немовби «забула» про щось таке, як первородний гріх, про людську слабкість, недосконалість, про те, що люди, навіть глибоко побожні чи духовні, це одночасно «люди плоті і гріха». Суспільство в цьому світі ніколи не буде абсолютно справедливим, богобоязним, ідеальним. Воно може лише так чи інакше наближатися до цього ідеалу, проте ніколи повністю його не реалізує. Євангеліє ж — це не програма для перебудови земної реальності, а «сіль» і «світло», тобто якийсь невеличкий інгредієнт, маленьке джерело, завдяки якому світ не втрачає «смаку» і «ясності».
